PyGMTをAnacondaに入れて若干躓いた話

PyGMT, JupyterLab, Python
目次

新しいラップトップPCにAnacondaで環境を作っている時に生じた問題
「PyGMTで描画が上手くいかない…」

無理やり感はあるけど何とか解決．

問題

Anacondaのbase環境で立ち上げたJupyterLabから，非base環境のghostscriptを動かせない． なお，当該非base環境のIPythonカーネルは正しく登録済みで，notebookの環境を正しく選択．

import pygmt

fig = pygmt.Figure()
fig.coast(region=[-69, -68, 43.75, 44.75], shorelines=True)
fig.show()

=> GMTClibErrorが返ってきた

psconvert [ERROR]: Cannot execute Ghostscript (gs).
Traceback (most recent call last):  
...
GMTCLibError: Module 'psconvert' failed with status code 79:
psconvert [ERROR]: Cannot execute Ghostscript (gs).

ちなみに，非base環境で立ち上げたJupyterLabだと普通にghostscriptが動く．．

環境

  • WSL2 (Windows Subsystem for Linux): Ubuntu 22.04.2
  • Anaconda v2023.03 (Python 3.10)

セットアップ

Anacondaのbase環境以外にpygmtという環境を作成して，JupyterLab上でgmtの図を描画したい． pygmt環境の作成方法は次の通り．

  • ライブラリのインストール 
    mamba create --name pygmt python=3.11 numpy pandas xarray netcdf4 packaging gmt
mamba activate pygmt
mamba install jupyter
mamba install pygmt -c conda-forge
  • 環境変数の設定 
    export GMT_LIBRARY_PATH=$HOME/anaconda3/envs/pygmt/lib >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
  • IPythonカーネルの追加 
    mamba activate pygmt
ipython kernel install --user --name pygmt

baseはPython 3.10系だが，pygmtはPython 3.11系で環境構築．

解決法

  • base環境にもghostscriptをインストール

IPythonカーネルは正しく設定できているのに， baseで立ち上げたJupyterLabからpygmt環境のコマンドが通らないという問題らしい． でも，

import pygmt

は正しく通っているから（baseにPyGMTは入れていない），恐らくターミナルがbase環境のままなんだろう．

ということで，base環境にもghostscriptをインストールすると，エラーが消え，セル下に図が描画できた． これはAnacondaかJupyterLabの問題だと思うので，これ以上は踏み込まないことにしよう…

まとめ

  • base環境で立ち上げたJupyterLabは，非base環境のコマンドが使えない場合がある
  • baseにも同じコマンドを使えるようにインストール，もしくはPATHを設定しておくと使える（当たり前）

# 前回セットアップしたときはどう回避したんだろう？覚えてないな…